卵巢囊肿为3.5cm，可能是生理性囊肿，即功能性卵巢囊肿，通常在月经来临前即可自行消失，通常无需进行治疗，注意定期复查即可，一般2-3个月进行1次妇科检查，以及B超检查，而后再根据具体情况调整复查的间隔时间。
卵巢囊肿为3.5cm也可以遵医嘱口服桂枝茯苓胶囊，或者红金消结片等药物进行治疗。需要注意的是，平时要尽量减少剧烈运动，如果卵巢囊肿进一步增大，可能还会导致卵巢蒂进一步扭转的情况。而且还要保持饮食清淡，以及情绪稳定。
如果卵巢囊肿直径＞5cm，则多考虑为卵巢肿瘤，如巧克力囊肿、卵巢黄素囊肿、畸胎瘤等，多见于育龄期女性，一般需要通过手术治疗。如果同时伴有进行性加重的痛经及同房后疼痛等症状，或者盆腔有触痛性结节，则还应考虑子宫内膜异位囊肿的情况，通常可考虑选择腹腔镜下的微创手术等方式进行切除治疗。