消化系统常见的疾病并不只是5种，根据具体部位可分为食管疾病、胃十二指肠疾病、小肠及阑尾疾病、结肠疾病、直肠及肛门疾病、肝脏疾病、胆囊及胆管疾病、胰腺疾病、腹膜疾病等。
1、食管疾病：比较常见的有反流性食管炎、食管癌、贲门失弛缓症等；
2、胃十二指肠疾病：常见的有急性胃炎、慢性胃炎(慢性非萎缩性胃炎、萎缩性胃炎和特殊类型)、胃溃疡、胃癌、十二指肠溃疡等；
3、小肠及阑尾疾病：常见的有肠易激综合征、肠结核、克罗恩病、小肠肿瘤、急性/慢性阑尾炎、阑尾周围脓肿等；
4、结肠疾病：常见的有溃疡性结肠炎、结肠息肉、结肠癌、乙状结肠扭转、乙状结肠癌等；
5、直肠及肛门疾病：常见的有直肠息肉、直肠癌、内痔、外痔、混合痔、肛裂、肛周脓肿等；
6、肝脏疾病：常见的有肝脏囊肿、肝炎、肝硬化、肝癌等；
7、胆囊及胆管疾病：常见的有胆囊结石、急性/慢性胆囊炎、胆管炎、胆道蛔虫病、胆管癌等；
8、胰腺疾病：常见的有急性/慢性胰腺炎、胰腺假性囊肿、胰腺癌；
9、腹膜疾病：常见的有细菌性腹膜炎、结核性腹膜炎。
而除了上述疾病，消化系统还存在肠系膜疾病，如肠系膜淋巴结结核，需要在医生鉴别诊断后进行相应治疗。