凌晨12点到3点咳嗽厉害即为夜间咳嗽厉害，可因空气不流通、物理空气干燥或嗓子干涩导致，如排除此类因素，则多考虑为呼吸系统疾病，如支气管疾病，但不排除消化系统和心脏病变，如食管反流、左心功能不全等。夜间咳嗽多由于气道受到刺激呈现出高度敏感状态，以及气道神经失衡所致，通常根据其他伴随症状和检查确诊，如为经常性夜间咳嗽，建议就医治疗。
一、呼吸系统疾病：
1、支气管哮喘：呼气性呼吸困难，可伴有气促、胸闷或咳嗽。夜间及凌晨发作或加重是哮喘的重要临床特征。如存在哮喘家族史或过敏因素的患者需更加注意；
2、慢性阻塞性肺疾病：常在夜间阵发性剧烈咳嗽、排痰，痰液为白色黏液或浆液泡沫性痰，同时可伴有气短或呼吸困难；
3、慢性支气管炎：患者存在长期吸烟史或职业性粉尘接触史，睡眠时可存在阵发性咳嗽或排痰，并伴有喘息。
二、其他系统疾病：
1、食管反流病：夜间睡眠时，由于胃内容物在不用力和无恶心的情况下涌入咽部和口腔，对咽喉形成刺激，出现剧烈咳嗽；
2、慢性左心衰竭：长期左心衰竭，在夜间因肺泡和支气管黏膜淤血引起咳嗽、咳痰，坐位或立位时，症状可减轻。咳痰为白色浆液性泡沫状痰，偶见血丝。