药流12天了还有褐色分泌物有多种原因，如子宫收缩不良、流产不全、子宫腔感染等，需要根据情况采取药物治疗、手术治疗。
1、子宫收缩不良：多因体质较差导致，劳累或者着凉也有可能影响子宫收缩，使子宫内膜的血管迟迟不能闭合，出现12天了还有少量的出血。此情况可以应用收缩子宫的药物，如注射缩宫素，也可以口服新生化颗粒，同时要多休息，避免着凉和劳累；
2、流产不全：若有部分胎囊或胎膜组织没有完全从子宫腔排出去，积存在子宫腔里面，会导致出血一直不能干净，同时还会伴有腹部疼痛和下坠感。需要做B超检查，如果确定是流产不全，需要清宫把残留的组织清除；
3、子宫腔感染：若药流后没有注意保养，或者没有遵医嘱应用消炎的药物，以及进行不洁性生活，可发生子宫腔感染，发炎的组织会有充血、水肿和小血管不容易闭合，因此可出现12天了还有褐色分泌物，同时会有腹部疼痛和下坠感、分泌物有异味等。一旦确诊需要应用消炎药物，如口服头孢克肟、阿莫西林等。