新冠核酸检测CT值一般指新型冠状病毒核酸检测CT值，是新型冠状病毒核酸检测的结果显示，根据不同的数值，可判定是否为阳性结果。
如果检测样品在FAM和VIC通道无扩增曲线，或Ct值≥35，且Cy5通道有扩增曲线，可判定样品未检测到新型冠状病毒RNA，属于阴性结果，说明受检者可能没有感染新型冠状病毒。如果检测样品在FAM和VIC通道CT值＜35，且有明显的扩增曲线，可判定样品为阳性结果，说明受检者可能感染了新型冠状病毒。如果检测样品仅在FAM或VIC单一通道CT值＜35，另一通道无扩增曲线，结果需复检。复检结果一致，可判定样品新型冠状病毒阳性，复检均为阴性，可判定为未检测到新型冠状病毒RNA。
新型冠状病毒核酸检测CT值与模板初始拷贝数的对数有一定的线性关系，但其仅为初步阳性筛查步骤，不能作为确诊新型冠状病毒感染诊断的最终结果。新型冠状病毒核酸检测是通过荧光RT-PCR方法，将样本中的新型冠状病毒RNA进行扩增，再检测样本中RNA的数量，不仅可用于诊断受检者是否感染，还可用于分析新型冠状病毒感染的治疗效果，评价感染者是否达到治愈标准。除新型冠状病毒核酸检测CT值外，新型冠状病毒感染还可根据病毒基因测序、 新型冠状病毒特异性IgM抗体和IgG抗体是否阳性等诊断。