新生儿肌注的部位主要有三角肌和股外侧肌两个部位，新生儿肌注是一种常用的药物注射治疗方法，主要适用于不宜或不能做静脉注射，但要求比皮下注射更迅速发挥疗效的药物。
1、三角肌：三角肌上部没有大血管、神经通过，而大约在尖峰下2-3横指的位置，通常是三角肌肌肉最为丰富的地方，为三角肌注射的安全区域，在定位时应以新生儿自己的手指为准。定位比较简单，因此比较常用，但三角肌分布比较少，如果反复进行注射，容易形成硬结；
2、股外侧肌：髂前上棘到髌骨上缘终点的连线即为肌注的前界，股骨大转子于股骨外侧髁的连线为注射的后界，将髂前上棘至股骨外侧髁的连线分为三等份，其中间部分为注射的安全区。股外侧肌可进行肌注的肌群较大，多次注射也不易形成硬结。
新生儿的臀部肌肉不发达，而注射部位邻近坐股神经，如果在臀部注射，比较容易造成坐股神经的损伤，而且注射的部位也不容易掌握，因此在给新生儿进行肌注时通常不选择在臀部注射。