经颅磁一般指经颅磁刺激。经颅磁刺激治疗焦虑症的起效时间一般需要1周，因为经颅磁刺激是通过改变大脑周围的磁场而发挥作用，其具体机制是通过磁场来改变大脑某些部位的神经递质的分泌以及功能，从而达到改善焦虑、紧张情绪的效果，此过程需要一定的时间。而磁场改变大脑相应位置神经递质的分泌和功能，一般需要1周才能起到比较明显的效果。经颅磁刺激是一种物理治疗，对于焦虑症来说，联合抗焦虑药物治疗，起效时间会更快、预后会更好。
但患者具体的起效时间，仍然需要根据焦虑症的严重程度、发病持续时间、是否服用药物进行判断。如果焦虑症的情况比较轻，发病时间比较短，并且是首次发病，而且及时服用了抗焦虑药物，则起效时间可能会相应缩短。相反如果焦虑症病情严重，例如属于重度焦虑症，甚至伴随惊恐障碍，病情持续时间长，而且属于多次复发，既往用药治疗效果差等，则经颅磁刺激起效时间可能会相应延长。
另外经颅磁刺激治疗焦虑症的起效时间也与个体差异相关，如果患者的年纪较轻、身体素质好，没有其他躯体疾病，则经颅磁刺激治疗焦虑症的起效时间可能会相应缩短。相反如果患者年 龄较大，并伴随较多的躯体疾病，如高血压、脑梗死、糖尿病等，则此时经颅磁刺激治疗焦虑症的起效时间可能会相应延长。