革兰氏阳性菌和阴性菌是常见可导致疾病的两类细菌，革兰氏阳性菌通过产生外毒素使人患病，而革兰氏阴性菌因其所含有的脂多糖使人患病，又称之为内毒素。此外，两者在很多方面有所区别，常见的如两者细胞壁结构、染色法显示结果、包含种类、发病症状、易患疾病和药物敏感性等。
1、细胞壁结构：革兰阳性菌细胞壁主要由肽聚糖、磷酸盐等组成，更为坚韧，而阴性菌主要由肽聚糖、脂蛋白、磷脂层等组成，较疏松。此外，阳性菌肽聚糖层数多，而阴性菌层数较少；
2、染色法显示结果：革兰氏阳性菌染色后呈蓝紫色，而阴性菌则呈现红色；
3、包含种类：常见的革兰氏阳性菌有肺炎双球菌、链球菌、破伤风杆菌等，而常见的革兰氏阴性菌有肺炎杆菌、痢疾杆菌和大肠杆菌等；
4、发病症状：革兰氏阳性菌感染起病较急，易出现高热，还可伴有化脓性症状。革兰氏阴性菌感染后也可出现发热症状，还可伴有腹泻等症状；
5、易患疾病：革兰氏阳性菌可引起蜂窝织炎、心内膜炎、感染性关节炎、脓肿 、细菌性肺炎等疾病。革兰氏阴性菌可引起尿道炎、肠炎、脑膜炎、腹膜炎等疾病；
6、药物敏感性：革兰氏阳性菌对青霉素类药物较敏感，而阴性菌不敏感。革兰氏阳性菌对链霉素、四环素类药物不敏感，而革兰氏阴性菌对两者敏感。