病毒鼻窦炎与细菌鼻窦炎区别，在于病因不同、治疗不同。临床症状并无严格区分，二者都可表现为头疼、流黄鼻涕，鼻塞、嗅觉下降等症状。当出现鼻窦炎时，可以通过血常规检查判断为病毒鼻窦炎或细菌鼻窦炎。
1、病因不同：当上呼吸道感染出现感冒后，由于机体抵抗力下降，出现病毒感染便容易引起引病毒鼻窦炎。如果出现细菌感染，便可能会引起细菌性鼻窦炎；
2、治疗不同：抗生素药物对病毒鼻窦炎治疗效果并不明显，所以多用奥司他韦、扎那米韦等抗病毒药物进行治疗。对于细菌感染的鼻窦炎，可以用抗生素进行治疗，如头孢类的头孢哌酮、头孢拉定等药物。当患者对头孢药物过敏时，可以使用青霉素类药物进行治疗，如阿莫西林、哌拉西林等，或使用喹诺酮类药物进行治疗，如诺氟沙星、氧氟沙星等。
病毒鼻窦炎与细菌鼻窦炎，都可以用鼻腔减充血剂，如盐酸羟甲唑啉喷雾剂、呋麻滴鼻液等，或糠酸莫米松鼻喷雾剂作用于鼻部，缓解鼻塞症状，改善鼻窦的黏膜水肿情况。