新生儿检查大脑的方式有很多种，常见检查方式有脑电图、CT检查、核磁共振、B超检查等。不同的检查方式所提供的脑部信息不同，可以在医生的指导下进行。
1、脑电图：长程视频脑电图不仅可以检测到脑电图，而且还可以看到脑电图异常时患儿的状态；
2、CT检查：CT可以显示不同层面脑组织、脑室系统、脑池和颅骨等结构形态，可以很好地显示出血灶和钙化影。但对于脑组织的分辨率不如核磁共振，对后颅窝的疾病受骨伪影干扰难以辨认，且有一定的辐射损伤；
3、核磁共振：分辨率高、没有放射线，能够清晰地分辨灰质、白质，对大部分的病变显示清晰，对后颅窝的病变由于没有骨伪影地干扰可以清晰显示，但成像速度慢，对钙化影不敏感；
4、B超检查：同样也是没有放射线，对脑出血、缺氧缺血性脑病、脑部感染、脑积水、脑部发育等疾病的检查有一定的价值，且检查便捷、价格低，被广泛地用于新生儿的颅脑检查。
除此之外，还有SPECT、PET-CT等也可以被用于新生儿的脑部疾病检查，在癫痫发作期间SPECT和PET-CT对癫痫病灶的定位诊断中有着重要的意义。