卵巢巧囊临床上称为卵巢巧克力囊肿，卵巢巧克力囊肿多大需要切除，需要根据病情和患者自身情况进行综合判断。通常囊肿直径大于4cm，需要采取手术切除。也有部分患者即使囊肿直径不到4cm，但是经药物治疗后症状不缓解、局部病变加剧等，也应该积极进行手术治疗。
如果患者存在直径大于4cm的卵巢巧克力囊肿，或卵巢巧克力囊肿虽然比较小，但是患者有不孕症，为了达到生育要求，即使囊肿直径不到4cm，也应该积极手术治疗，通常进行腹腔镜手术。由于卵巢巧克力囊肿手术以后子宫和卵巢都存在，较易于复发。术后还需要使用药物控制病情，防止疾病复发。对于年龄比较大的卵巢巧克力囊肿患者，没有生育需求，如果同时伴有子宫腺肌症，可以进行全子宫、双附件切除，这样可以得到比较彻底的治疗，术后基本不会复发。
除此之外，对于绝经后的卵巢巧克力囊肿，如果持续存在或者伴有肿瘤标记物的升高，要警惕恶变的可能。这时即使卵巢巧克力囊肿直径小于4cm，也应该积极进行手术。