肝胆胰内科与肝胆胰外科的主要区别在于疾病的治疗方式不同，其次是治疗的疾病略微有差异，肝胆胰内科主要采取药物治疗，而肝胆胰外科主要采取手术治疗。
1、肝胆胰内科：肝胆胰内科主要治疗胰腺炎、胆囊炎、肝炎、脂肪肝、自身免疫性肝病、胆管炎、药物性肝损伤、肝硬化恢复期并发症等疾病，治疗方式主要以药物治疗为主。以肝炎患者为例，可遵医嘱使用注射用还原型谷胱甘肽、水飞蓟宾葡甲胺片、苦参碱氯化钠注射液、茵栀黄注射液等药物进行治疗，一般不采取外科手术的方式；
2、肝胆胰外科：肝胆胰外科主要治疗肿瘤性疾病、胆囊结石、胆囊息肉、胆管结石、肝硬化，以及肝硬化等原因导致消化道大出血等，这些疾病通常是以手术治疗为主，药物治疗为辅。比较常见的手术有肝移植术、腹腔镜胆囊切除术、开腹胆囊切除术、经颈静脉肝内门体分流术、内镜下食管-胃底静脉曲张结扎术等，此外，肝胆胰外科通常还可进行人工肝支持治疗等。
部分疾病并没有严格的内外科差异，如胆囊炎患者在药物治疗无效的情况，也需要及时胆囊切除术等手术治疗。如果出现肝、胆、胰等部位的不适，可以优先到肝胆胰内科、肝胆胰外科就诊，完善血常规、超声等检查明确情况，如果无法自行分辨去哪个科室，可以询问导医台。