牙龈萎缩疼痛的治疗方法多种多样，常用的方法有药物治疗、洁治术、牙龈下刮治、牙龈上洁治、膜龈手术，建议及时到正规医院就诊在专业医生指导下进行相应治疗。
1、药物治疗：可遵医嘱使用甲硝唑片、替硝唑片等药物控制细菌感染，使用醋酸氯己定溶液、过氧化氢溶液缓解炎症，适用于轻中度牙龈萎缩疼痛的患者。
2、洁治术：通过洁治术可以清除牙齿表面的牙结石和菌斑，以及齿缝中嵌塞的食物，避免病情恶化，适用于所有牙龈萎缩疼痛的患者，一般参考价格50-200元/次，一般可维持6-12个月，注意在正规机构进行此操作，否则可能造成口腔感染。
3、牙龈下刮治：通过专业器械清除牙龈下的结石和细菌，改善牙龈健康状况，适用于牙龈萎缩疼痛且伴有牙结石的患者，一般参考价格1000-4000元/次，一般7-15天后可见一定改善，一般可维持6-12个月。
4、牙龈上洁治：利用超声波等技术清洁牙齿表面和牙龈上的菌斑和牙渍，适用于牙龈萎缩疼痛且需要深度清洁的患者，一般参考价格300-500元/次，一般7-15天后可见一定改善，一般可维持6-12个月。
5、膜龈手术：通过手术方法覆盖暴露的牙根，改善牙龈外观和减少疼痛，适用于牙龈萎缩严重且影响美观的患者，一般参考价格3000-6000元/次，一般15-30天后可见一定改善，一般可维持3-5年。
在进行手术前，应确保口腔健康状况良好，无炎症和感染，同时应严格遵守医生的医嘱，保持口腔卫生，避免刺激性食物和过硬食物。