患有慢性肠炎服用益生菌有一定的用处，但只能起到辅助作用。要彻底治疗慢性肠炎，需要根据具体情况选择针对性的药物进行治疗。
适当服用益生菌，对慢性肠炎患者可以起到调理肠道菌群的作用，还可以在一定程度上抑制机体有害菌繁殖，有助于慢性肠炎的恢复，不过只能起到辅助作用。想要彻底恢复，还需要根据其病原体来针对性地治疗，比如细菌感染引起的慢性肠炎，可以在医生的指导下服用一些抗生素来进行治疗，如庆大霉素、诺氟沙星等。而如果慢性肠炎是因为病毒感染而引起的，一般不需要特殊干预，日常生活中注意饮食和作息，通常可以自愈。如果患有慢性肠炎疾病的情况下还出现腹痛的现象，可以在专业医生的指导下服用一些镇痛的药物，常见的有颠茄片、阿托品等，可以起到止痛止泻的作用。
患有慢性肠炎还需要注意饮食，饮食要以低脂、少纤维、易消化的食物为主，可以适当地选用一些优质蛋白质的食物，比如鸡蛋、鱼、豆制品等，避免食用辛辣刺激或者生冷的食物。