大肠杆菌的全称是大肠埃希菌，而大肠菌群是不同种类细菌的总称。大肠埃希菌属于大肠菌群中的一种，两者的区别主要在于定义、分类和检测意义等方面。
1、定义不同：大肠菌群是众多细菌的总称，其中包含需氧菌和兼性厌氧菌等，通常指与粪便污染相关的细菌，一般存在于人类及动物的粪便中。大肠埃希菌属于非致病菌，是体内肠道菌群的正常组成部分。若肠道内菌群失调，大肠埃希菌大量增殖，可导致大肠埃希菌感染，出现消化道不适；
2、分类不同：大肠菌群包括大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、弗氏柠檬酸杆菌等，而大肠埃希菌是一种细菌，并不包含其他种类细菌；
3、检测意义不同：大肠菌群和大肠埃希菌是评价卫生质量的重要指标，食品中如果检出大肠菌群，通常表明该食品存在污染，即可能有肠道致病菌存在，也可能通过受污染的食品引起肠道传染病。大肠菌群数量的高低，表明粪便的污染程度，也反映对人体健康的危害性大小。大肠埃希菌的出现预示着某些肠道病原菌的存在，因此该菌是国际上公认的卫生监测指示菌。