从生物化学的角度进行分析，维生素B12是人体中所需要的唯一一种含有金属元素的维生素。而甲钴胺是维生素B12 在机体内的活性形式，也就是活化了的维生素B12，这是甲钴胺和维生素B12最本质的区别，也决定了甲钴胺和维生素B12作为药物存在的区别。
1、生物利用度：甲钴胺和维生素B12这两种药最大的区别就是维生素B12进入人体后需要在人体内转化为甲钴胺，然后才可以产生药物作用，而服用甲钴胺就可以省掉这个步骤，生物利用度相对更高；
2、作用效果：甲钴胺和维生素B12在临床上主要用于治疗巨幼红细胞性贫血、恶性贫血、周围神经炎等疾病。研究显示，甲钴胺对于改善患者贫血症状、增加患者血细胞、降低患者神经损伤程度等方面，效果均优于维生素B12，而且安全性也可以得到保障；
3、给药方式：甲钴胺用药可通过口服、肌肉注射和静脉注射三种形式，而维生素B12不可以进行静脉给药，可以接受口服和肌肉注射；
4、副作用：接受甲钴胺治疗的患者不良反应较少见，口服可能出现食欲不振、恶心等胃肠道反应，以及皮疹；注射给药患者不良反应发生率也较低，患者可出现皮疹、呼吸困难、血压下降 等过敏反应。口服维生素B12部分患者可能会出现高尿酸血症或低血钾的情况；注射给药患者偶见皮肤瘙痒、皮疹、腹泻及过敏性哮喘等不良反应。