甲巯咪唑常见的副作用有过敏反应、胃肠道反应、神经中枢反应、血液系统反应等。因此，建议甲亢患者遵医嘱服用甲巯咪唑，使用药物期间要保持乐观的心态，避免产生负面心情，避免劳累过度，有助于促进病情恢复。
1、胃肠道反应：由于甲酰胺咪唑会刺激胃肠道黏膜，导致胃肠道发生反应，使用甲巯咪唑后，可能会出现腹部疼痛、呕吐或恶心等症状。此外，长期服用甲酰胺咪唑容易导致门冬氨酸氨基转移酶、总胆红素、直接胆红素等指标上升，从而损伤肝功能；
2、肝功能受损：无症状的肝损害较常见，如肝酶升高等，但肝炎、肝坏死等严重反应少见，罕见的不良反应有肝炎；
3、过敏反应：部分患者使用甲巯咪唑后，会引起免疫反应，可能会出现皮疹、瘙痒等症状；
4、血液系统反应：患者长期服用甲巯咪唑，可能会导致体内血象发生异常，比如引起白细胞、中性粒细胞数量减少，严重的时候还会出现粒细胞缺乏，导致合并严重的感染。