胃镜可以查出幽门螺旋杆菌，但是并不是通过胃镜直接看到幽门螺杆菌，而是通过胃镜取组织做病理染色或者尿素酶检查，检查胃黏膜上有没有幽门螺杆菌感染，这种检查方法是有创操作。
检查幽门螺杆菌比较常用的方法有两种，一种是抽血检查幽门螺杆菌的抗体，另一种方法是通过呼气试验检查胃里面幽门螺杆菌的数值，比较常用的是呼气试验检查，因为这种检查是无创的，能够让人容易接受。如果单独为了检查幽门螺杆菌而做胃镜，会对胃黏膜产生一定的创伤，通常不会选择此种方法。但如果是临床需要做胃镜，可以在做胃镜的同时进行取样做幽门螺杆菌的检测，因为这种方法除了直接查看胃黏膜的病变情况，还可以取活组织做病理学检查，是诊断胃病较好的方法。
如果有幽门螺杆菌需要检测的时候，要根据具体情况合理选择相关的方法，比如单独为了检查幽门螺杆菌可以做呼气试验或胃镜检查。