巴戟天和巴戟肉不完全一样，巴戟肉是巴戟天加工制作而成，功效和性质极为相似，主要区别在于制作方法和成品性状。如果存在巴戟天的药物适应证，可以在医生辨证后按剂量、按疗程应用，避免自行盲目应用对身体产生不利。
1、制作方法：巴戟天是茜草科巴戟天属植物巴戟天的根，即为去除杂质的原药材。而巴戟肉则是取净巴戟天，置于蒸制容器内蒸透，趁热除去木心，切段、干燥后制作而成；
2、成品性状：通常巴戟天表面灰黄色或暗灰色，质地坚韧，断面皮部厚，紫色或淡紫色，易与木部剥离，木部坚硬，呈黄棕色或黄白色，气微，味甘而微涩。而巴戟肉呈扁圆柱形短段或不规则块状，表面颜色与巴戟天一样，但具有纵纹和横裂纹，断面一样，但巴戟肉为中空，气味也与巴戟天一致。
巴戟天和巴戟肉性味甘辛，微温，归肾、肝经，具有补肾助阳、强筋壮骨、祛风除湿的功效，主治肾虚阳痿、遗精早泄、少腹冷痛、小便不禁、风寒湿痹、腰膝酸软、风湿脚气等病症。临床主要可煎汤内服，亦可浸酒或熬膏，但本身阴虚火旺及有湿热之证者注意禁服。