灰指甲药水涂上后，涂的肉上疼可能是药物刺激导致，为正常情况。也可能是对药物过敏导致的，为异常情况，建议结合个人情况选择处理方法。
1、药物刺激：治疗灰指甲的药水本身就存在一定刺激性，再加上患者灰指甲病变部位的皮肤、皮下组织更加敏感，甚至可能有皮肤破损、出血表现，药物直接接触上去以后，会有刺痛感。这多是正常情况，如果刺痛感不严重，不需要特殊处理，继续遵医嘱用药治疗灰指甲即可；
2、对药物过敏：如果患者对治疗灰指甲的药物成分过敏，药物接触患者指甲附近皮肤后会产生过敏反应，此时药物刺激皮下毛细血管充血、肿胀，血管渗透性和敏感性增高，也会有疼痛感，还可能伴有局部肿胀、皮肤发热、起红疹等症状。此时建议患者先用清水清洗干净灰指甲附近的药物，然后到医院告知医生，遵医嘱更换其他不过敏的药物治疗。
如果患者疼痛明显，或者有其他不适症状，或者用药后症状没有被控制，都建议到医院皮肤科复查，以免对指甲和周围的皮肤造成其他损伤，从而影响恢复。