鼻窦炎一般可分为急性鼻窦炎和慢性鼻窦炎，急性鼻窦炎可以在医生指导下服用青霉素类抗生素、第一或第二代头孢菌素类抗生素等，而慢性鼻窦炎可在医生指导下服用大环内酯类抗生素。
急性鼻窦炎常见的致病菌多为化脓性链球菌，如肺炎链球菌、溶血性链球菌等，之后为杆菌，如流感杆菌、大肠杆菌和变形杆菌等，此外还包括一些厌氧菌感染。对于有明确致病菌者，可服用敏感类抗生素，包括青霉素类，如青霉素、甲氧西林钠，或第一、第二代头孢菌素类抗生素，如头孢氨苄、头孢呋辛酯等。而未能明确致病菌者，可服用广谱抗生素，如螺旋霉素、红霉素等。而对于明确存在厌氧菌感染者，应同时服用替硝唑或甲硝唑等药物。有条件者可取鼻腔分泌物做细菌培养和药敏检查，根据药敏结果选择敏感类抗生素。除此之外，还可以应用鼻用糖皮质激素类消炎药，如布地奈德鼻喷雾剂、丙酸氟替卡松鼻喷雾剂等。
而慢性鼻窦炎多是由于急性鼻窦炎未得到及时治疗，反复发作而导致。可以遵医嘱服用大环内酯类抗生素，如红霉素、罗红霉素等，同时予以喷鼻激素及呋麻滴鼻液等鼻内用减充血剂。对于慢性鼻窦炎经规范药物治疗无效者 ，可考虑行鼻内镜下鼻窦开放手术治疗。