三岁的儿童接种手足口病疫苗不晚，只是错过了最佳的接种时间。一般情况下，只要在五岁之内完成疫苗接种，都可以达到预防效果。五岁以上的儿童发病率比较低，没有接种的儿童则不推荐继续接种。
手足口病是学龄前儿童常见的急性传染性疾病，极少数儿童发病之后可能会出现并发症，病情较严重的可能会导致死亡，可以通过接种手足口病疫苗来预防。手足口病疫苗主要是EV71灭活疫苗，属于国家规定的二类疫苗，需要自费、自愿接种。手足口病疫苗推荐接种的最佳时间是六个月到五岁，建议尽可能在十二月龄以内完成接种程序。手足口病疫苗一共需要接种两针，两剂次接种间隔时间为一个月。如果是错过了最佳的接种时间，可以补种，但是尽量在五岁之前完成。
手足口病疫苗安全性比较好，但是与其他疫苗一样，接种之后可能会出现局部有硬结、疼痛、瘙痒等症状，极少数的患者可能会出现发热、食欲不振，都是一过性的。当然有极个别过敏性体质的儿童，接种之后可能会出现严重的症状，需要及时到医院就诊。