健脾丸在临床上运用时副作用并不常见，可能仅极个别者会出现烧心、反酸、纳差、腹胀等症状，此药物较为安全，但需要在医生指导下正确使用，避免出现药物不良反应。
中药用药讲究对症，如果没有脾虚食积的症状，则不适宜服用健脾丸，此外对健脾丸中某些成分过敏的患者也不适宜服用。由于方剂中含有人参、党参等补益的药物，如果平素身体阳盛,或者有实热，长期大量服用健脾丸可能导致上火，表现为口干舌燥、便秘、心烦、失眠等。
健脾丸的方剂中，主要用陈皮、枳实达到理气消积的作用，用山楂、麦芽等达到消食和胃的目的，其中山楂更善于消导肉食之积，而麦芽善于消米面之积，党参、白术有补气健脾的作用，可以帮助运化。以上药物配合在一起有消有补，属于消补兼施的方剂，临床上可用于治疗脾虚食积，以及慢性胃肠炎、功能性消化不良。
如果出现食欲不振、消化不良、肚子胀、脘腹痞闷等症状，则可以在医生指导下使用健脾丸，具有较好的疗效，并且也比较安全。但服用健脾丸时要注意饮食有节、劳逸适度，避免过量进食生冷辛辣食物，以尽快使不适症状缓解或消失，避免影响正常生活和工作。