灭菌注射用水和蒸馏水虽然都是经过处理过后的水，但灭菌注射用水是完全去除病毒细菌以及其他微生物的注射用水，而蒸馏水并非灭菌的用水。二者的主要区别在于处理方式、用途等方面。
1、处理方式：蒸馏水是通过蒸馏后冷凝形成的水，属于一种纯净水。而灭菌注射用水主要成分为注射用水，是蒸馏水再通过处理去除其内病菌及致热源而生成的灭菌的蒸馏水，为无色无味的透明液体；
2、用途：灭菌注射用水中不含有任何药物成分，主要用于各种人体腔道或手术的冲洗剂。而蒸馏水并非无菌，可能会存在某些病菌或微生物，蒸馏水经过蒸馏后会去除水中的很多诸如钙铁氯等离子，所以一般不建议直接饮用，长时间饮用蒸馏水可能会引起缺钙、缺铁等矿物质的缺乏症，主要用途在于化学、工业或医疗的用水。