支气管镜活检和穿刺活检是两种不同的检查方法，在设备、检查过程、适应证方面存在区别。但是检查的目的都是通过获取病变的组织，为患者的病情提供病理学诊断依据。建议患者遵医嘱根据病情选择合适的检查方法。
1、设备：支气管镜活检需要支气管镜，如电磁导航支气管镜和超声支气管镜等。穿刺活检的设备主要是超声或X光、CT机、穿刺活检针等，也是在局部麻醉下进行。有些医院没有支气管镜这种设备，或者病情不支持支气管镜的检查，可以考虑穿刺检查的方法；
2、检查过程：支气管镜可以采用局部麻醉的方法，通过鼻咽部将支气管镜送入到气管的病变部位，对病变进行观察和取活检，也可以采用全麻方法的支气管镜检查。穿刺取活检一般采用局部麻醉，用穿刺针在超声或者x光/CT机的引导下，直接对病变进行穿刺活检，这种检查相比气管镜取活检来说，痛苦相对会少一些，操作会更简单一些；
3、适应证：气管镜检查主要是适用于中央型肺癌的检查。中央型肺癌位于肺门部位，肺门是肺部的中央，离主气管非常近，但是离胸廓外围比较远，所以使用支气管镜检查更容易获取病变部位 的组织。穿刺活检主要用于周围型肺癌，由于周围型肺癌离肺门部位较远，而离胸廓比较近，支气管镜不容易获取到这些病变组织，而穿刺检查可以在X光或者超声的引导下，直接对病变部位进行穿刺活检，更容易到达癌变的部位。