阿莫西林和头孢克肟是临床上常用的两种抗生素药物，无法脱离病因单纯地去比较两种药物的效果差别。由于阿莫西林和头孢克肟的抗菌谱有一定差异，二者均有自己更擅长抵抗的病菌，且个体对药物的敏感性不一样，所以脱离具体病因的效果对比没有意义。
1、阿莫西林：阿莫西林为广谱抗生素，属于半合成青霉素类。阿莫西林对抗革兰氏阳性菌的作用强于头孢克肟。另外，阿莫西林对伤寒沙门菌等均有较强的抗菌效果，广泛用于治疗敏感菌引起的胆道、尿路、呼吸道感染等疾病；
2、头孢克肟：头孢克肟是第一个第三代头孢类抗生素，具有抗菌谱广、抗菌作用强、有效浓度持续时间长等优点。头孢克肟对抗革兰氏阴性菌杀菌作用强于阿莫西林，且头孢克肟更擅长抵抗肺炎球菌、淋球菌、化脓性链球菌、流感杆菌等多数的肠杆菌科细菌，临床常用于治疗胆道感染、泌尿感染等疾病。
青霉素过敏的人群严禁使用阿莫西林，建议根据个体情况对症选择药物，遵医嘱用药，不建议自行用药。