HPV疫苗第三针超过一年有必要打，这种情况多见于HPV疫苗打了两针，第一针和第二针之间间隔不小于一个月，但由于某种特殊原因，如怀孕或没有预约疫苗，导致第三针没有接种，距离第二针接种时间超过一年。
接种HPV疫苗后会刺激人体的免疫系统，产生细胞免疫，合成和释放相应的HPV抗体，以抵御HPV病毒感染，同时形成针对HPV病毒的记忆细胞，可在体内存在较长时间。如果只是超过1年，可以继续接种。部分疫苗则存在必需的补种时间，如口服伤寒疫苗，需要在上一剂接种的三周内完成后续补种，如果超过三周，则需要重新开始整个免疫程序。
目前HPV疫苗对人体的保护时间难以预测，因此在注射三针HPV疫苗后，宫颈癌筛查仍然应定期进行，以免疫苗失效后，导致宫颈上皮黏膜遭受HPV持续感染，进而导致宫颈癌前病变、宫颈癌等情况。