吐鲁番三甲医院有吐鲁番市人民医院，以及二甲医院鄯善县维吾尔医医院、吐鲁番市高昌区人民医院等。 吐鲁番市人民医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健为一体的综合性三级甲等医院和“爱婴医院”。医院拥有磁共振、彩超、全自动生化仪、CT、CR等先进医疗设备，学科种类较全，技术力量较强，在各种常见病、多发病、危重症患者的抢救治疗方面积累了丰富的临床经验。 鄯善县维吾尔医医院是该县唯一一家以中医、维吾尔医药治疗为主、中西并重，集医疗、科研、教学、保健、康复、康养为一体的“二级甲等”民族医医院。 吐鲁番市高昌区人民医院是一家集医疗、急救、预防、保健、康复、教研于一体的综合性二级甲等医院，是城镇职工和居民医保等保险定点医疗机构。开设内、外、妇、儿、中医、肠道、皮肤性病、口腔科、眼科、急诊科等科室，同时储备有雄厚的人才队伍，并具备各种硬件设施等支撑保障。