南京性病医院治疗比较好的医院有中国医学科学院皮肤病医院、南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院等，性传染病需就诊皮肤性病科。 中国医学科学院皮肤病医院全科室年均诊治来自国内外皮肤病患者近30万人次，在大疱性皮肤病、银屑病、白癜风、遗传性皮肤病等疾病的基础、临床诊疗方面具有较深入研究，承担本院及全国多家医院的疑难危重皮肤病临床会诊工作。 南京医科大学第一附属医院皮肤科为目前是江苏省内综合医院中学术规模最大、综合实力最强的皮肤病专业诊疗机构，在疑难危重性皮肤病救治、皮肤光医学研究、毛发疾病、色素性皮肤病、变态反应性皮肤病及性传播疾病的诊治已经在国内形成优势，部分研究有国际影响。 南京鼓楼医院皮肤科承担着皮肤病、性病、皮肤外科及皮肤美容方面的临床医疗工作，除专家门诊外，还开设“皮肤美容专病门诊”、“银屑病专病门诊”、“甲病专病门诊”和“脱发专病门诊”和重症皮肤病住院诊疗，年门诊量超16万人次。