南京中医院好的有江苏省中医院、南京市中医院、江苏省第二中医院等。 江苏省中医院为全国首批成立的省级中医医院之一，坚持以中医为本，突出中医药特色优势，不断提高重危及疑难病症的诊治能力，加强中西医结合工作，综合实力显着增强，学术水平和诊疗能力不断提升，持续保持在全国中医系统的领先地位，现已成为全国着名具有浓厚文化底蕴的大型综合性三级甲等中医院。 南京市中医院发展到现在已是一所中医特色突出，现代医技科室设置完善，急诊急救水平过硬的现代化大型三级甲等中医医院。现有国家级重点学科1个（中医肛肠病学），国家级重点专科7个；江苏省重点学科1个（中医脑病学），江苏省重点专科8个；南京市重点专科16个。 江苏省第二中医院是一所融医疗、教学、科研、预防保健为一体的公立省级综合性三级甲等中医院。开设了包括内、外、妇、儿、骨伤、针灸、推拿、康复、急诊等33个临床科室，在肺病、脾胃病、针灸、骨伤、脑病等方面，已形成了别具特色的中医治疗优势。