南京治疗乙肝比较好的医院有南京市第二医院、南京医科大学第一附属医院等。南京市第二医院肝病相关科室是卫生部培训基地，江苏省重点专科，南京市重点专科，南京中医药大学临床教学科室，科室常规开展肝癌的肝段、肝叶切除，半肝切除、扩大半肝切除，离体肝脏切除；对于晚期肝癌患者，在江苏省内率先开展冷循环肝癌的微波固化、水酒精注射治疗；在肝硬化合并门脉高压症治疗方面，对脾脏切除、贲门周围血管离断术这一传统手术方式进行不断创新。 南京医科大学第一附属医院感染病科（原传染病科）是我国高校首批硕士学位授予点，我省最早的传染病专业博士学位授予点、卫生部传染病专科医师培训基地、SFDA批准的江苏省唯一抗感染专业药物临床试验机构、江苏省传染病专科医师进修基地和江苏省抗病毒药物试验服务中心。在慢性病毒性肝炎及肝衰竭的规范诊疗及发热待查诊治上有特色技术和一定的优势。