吉林市治肠胃比较好的医院有吉林市中心医院、吉林市人民医院，治肠胃可就诊于消化（胃肠）内科。吉林大学第一医院消化内科建于2008年10月，目前是吉林省消化病及消化内镜专业重点学科，已发展成集医疗、科研、教学为一体、拥有博士学位授权的专业化学科，对疑难、急重病例能够做到诊断及时、治疗有效，并注重不断开展新技术新疗法； 吉林市人民医院消化中心是东北三省最大的消化内科，近年来先后获得中国优质服务示范科室（中华人民共和国国家卫生和计划生育委员会授予）、吉林省消化内科特色专科、年度医疗质量控制中心考核评价先进中心、吉林市市直卫生计生系统第一批优先发展重点学科、吉林市消化重点专科、吉林市消化内镜重点专科、吉林市消化内镜培训基地、吉林市涉外消化内镜诊疗中心、吉林市消化内镜质控中心、吉林市无痛胃肠镜中心等荣誉称号，同时吉林市人民医院消化中心因其在消化内镜介入领域中的影响而成为早期胃癌筛查临床新技术应用研究中心。