南京心脏外科比较好的医院有南京医科大学第一附属医院、东南大学附属中大医院、南京市第一医院。 南京医科大学第一附属医院心脏大血管外科是我国首批硕士和博士学位授权点，2007年被评为国家重点学科，2008年被评为首批卫健委介入培训基地，2011年被确定为国家临床重点专科培育点，学科现有8个国内一流的心导管手术室，年介入手术量超过1万人次。 东南大学附属中大医院胸心外科已发展成为集医疗、科研、教学为一体的现代化临床医学学科，在省内外享有较高的知名度。目前常规开展各类食管癌、贲门癌、肺癌、纵隔肿瘤、气胸等疾病的手术治疗，各类冠心病(主要是行微创心脏不停跳冠状动脉搭桥术)、风湿性心脏病、先天性心脏病、大血管疾病的手术治疗。 南京市第一医院心胸血管外科是国家临床重点专科、江苏省医学重点学科、省级临床重点专科，江苏省心血管病临床医学中心，技术水平处于国内领先并达国际先进水平。