没有权威数据显示重庆男科公立三甲医院排名，推荐陆军军医大学第一附属医院、重庆医科大学附属第一医院、陆军军医大学新桥医院等，均为国家综合三级甲等医院。男科隶属于泌尿外科，其中陆军军医大学第一附属医院泌尿外科是建国初期具有较大医、教、研规模的泌尿外科之一，为重庆市首批重点学科。 重庆医科大学附属第一医院泌尿外科已成为集医疗、教学、科研、预防保健为一体的泌尿男科医学体系，是重庆市最大的泌尿专科之一，已成为重庆市泌尿外科疑难杂症的主要收治单位，综合实力跃居国内先进行列，部分技术接近国际先进水平。 陆军军医大学新桥医院泌尿外科是国家级重点学科，擅长泌尿系结石（肾结石、输尿管结石、肾绞痛、膀胱结石、尿道结石）、泌尿系肿瘤（肾癌、输尿管癌、膀胱癌、肾上腺肿瘤、睾丸肿瘤、尿道肿瘤、阴茎癌）前列腺疾病（前列腺增生、前列腺癌、前列腺结石、前列腺炎、前列腺术后尿失禁）等的诊治。