没有南昌市肝胆外科排名的说法，比较好的医院有有南昌大学第一附属医院、南昌大学第二附属医院、江西省人民医院等。 南昌大学第一附属医院普外科是医院成立最早科室之一，是江西省重点建设临床科室、江西省省级临床重点专科，肝脏门脉高压外科、胃肠外科、微创外科为江西省医学领先学科。成立了胆囊或胆道疾病MDT团队、肝癌转化治疗团队、胰腺肿瘤MDT团队，计划申报腹腔感染MDT项目，积极推动多学科诊疗会诊服务。 南昌大学第二附属医院肝胆外科一直保持省内领先、国内知名的地位，已建设成为江西省肝胆外科诊疗中心、南昌大学医学院肝胆外科研究所挂靠单位、江西省“十五”、“十一五”重点学科、江西省医学领先专业建设学科、南昌大学医院学重点建设学科，分腹腔镜组，肝胆组，以及门脉高压症、胰腺组等三个专业组，其中科室的的单孔腹腔镜手术（胆囊切除、肝囊肿开窗、阑尾切除等）已走在全国的前列。 江西省人民医院肝胆外科基因治疗技术达省中心内先进水平，在省内较早开展腹腔镜胆囊切除手术，并积累了万余例手术成功经验，对于巨大肝癌切除、复发性肝癌再切除、医源性胆管损伤、伴有器官功能不全的重症急性胰腺炎治疗等疑难复杂疾病有独到和丰富的经验。