重庆肺结核治疗无指定医院，比较推荐的医院有陆军军医大学第一附属医院、重庆医科大学附属第一医院、重庆医科大学附属第二医院等。结核病应就诊于传染病科，其中陆军军医大学第一附属医院感染病专科医院（原传染科）是全国综合性医院中规模最大的传染科之一，现为5个传染病学国家重点学科之一，同时也是重庆市肝病研究所、重庆市感染病研究重点实验室，拥有高素质的人才队伍及雄厚的科研力量，在结核病治疗方面有独到的见解。 重庆医科大学附属第一医院感染科是首批传染病学国家重点学科（全国仅2个）、首批传染病学硕士和博士授予点、首批抗感染和寄生虫药物临床药理研究基地以及西部地区首个传染病与寄生虫病研究所，是重庆市感染病临床重点专科，在结核病治疗方面积累了丰富的临床经验，具有较高的诊疗水平；重庆医科大学附属第二医院感染病科为国家首批重点学科，国家临床重点专科（感染性疾病科），其下设结核病组开展了多项结核诊断技术，除外常规项目还可进行结核感染T细胞检测（T-spot）、结核分枝杆菌菌种鉴定及耐药基因检测、GeneXpert检测以及非结核分枝杆菌培养和鉴定。