南京胃肠外科比较好的医院是南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院、东南大学附属中大医院等。 南京医科大学第一附属医院普通外科是国家临床重点专科建设单位、卫生部活体肝脏移植重点实验室、“十五”和“十一五”江苏省政府重点学科、江苏省临床重点专科。目前有肝脏、胰腺、乳腺、胃、结直肠、甲状腺、腹壁疝、胆道、血管和代谢外科专业。 南京鼓楼医院胃肠外科现为国家临床重点专科、江苏省临床重点专科、江苏省消化内镜诊疗中心。科室建立了完善的消化系疾病微创诊疗平台，设置了ERCP、EUS、肝病与介入、消化重症、动力疾病、IBD、小肠及胶囊内镜及早癌ESD等8个特色亚专业组。 东南大学附属中大医院普通外科是江苏省抗癌学会胆道肿瘤专业委员会组长单位；江苏省临床重点专科。在微创外科领域本科室已经在国内及华东地区取得了良好的声誉。特色技术微创外科有腹腔镜肝脏切除术；腹腔镜保留脾脏的胰体尾切除术；腹腔镜各种疝修补术；单孔腹腔镜胆囊、阑尾切除术等。