南京治肛门比较好的医院有南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院、东南大学附属中大医院等。 其中南京医科大学第一附属医院肛肠科是国家临床重点专科建设单位、“十五”和“十一五”江苏省政府重点学科、江苏省临床重点专科，参与了卫生部、中华医学会外科学分会等多种疾病诊治指南和规范的制定，在国内外有重要的学术影响力。 南京鼓楼医院普通外科，设有肝胆研究所、肝胆胰中心、胃肠中心、甲乳外科及外科B超室，是国家重点学科、首批国家临床重点专科、江苏省医学重点学科、江苏省临床重点专科。擅长低位直肠癌经肛提肌外腹会阴联合切除术、组织再生材料盆底重建、腹腔镜下低位直肠癌原位人工肛门重建术、复杂切口疝的修补重建。 东南大学附属中大医院肛肠科拥有雄厚的技术力量、丰富的人力资源。在肛肠疾病的诊治上积累了丰富的临床经验，解决了很多临床疑难杂症问题，深受广大患者的信赖，在周边地区形成了较大的影响。该科擅长运用“中西医结合”的方法对肛肠常见疾病及疑难杂症进行诊断与治疗，尤其对患者术前及术后的医疗护理有独特之处。