乐山三甲医院有乐山市人民医院、武警四川总队医院等。乐山市人民医院腔镜化、内镜化技术广泛应用于内、外、妇、儿各大专业，胸腹腔镜肿瘤根治、病变切除及重建术式发展成熟，居省内同级医院及市内先进水平；武警四川总队医院已建成一批在国内居先进行列的优势学科群，包括8个医学研究所：灾害救援医学研究所、肝脏移植研究所、眼眶病研究所、心脏病研究所、神经科学研究所、眩晕病研究所、肛肠病研究所、纳米医学研究所，5个医学专科中心：肿瘤中心、骨科中心、口腔医学中心、心血管病介入诊疗中心、消化内科中心，并且具有先进的医疗水平。 此外，乐山市中医医院、乐山市妇幼保健院、峨眉山市中医院也都是三甲医院，乐山市中医医院和峨眉山市中医院是中医特色医院，开设有中医内科、外科等特色科室；乐山市妇幼保健院是一家妇幼保健院，对儿科以及妇产科相关疾病的诊疗有丰富经验。患者可以按需前往选择。