哈尔滨治疗甲状腺疾病的医院没有绝对的排名，能治疗甲状腺疾病的有哈尔滨医科大学附属第二医院、哈尔滨医科大学附属第一医院、哈尔滨医科大学附属第四医院等。 哈尔滨医科大学附属第二医院普通外科主要诊治疾病包括地方性甲状腺肿伴甲亢、结节性甲状腺肿伴甲亢、碘甲亢、自身免疫性甲状腺病等。除了对常见病、多发病具有很高的诊断能力，还对一些少见和疑难病例具有较高的诊断水平。 哈尔滨医科大学附属第一医院甲状腺乳腺外科，专科治疗甲状腺乳腺外科目前能广泛开展乳腺、甲状腺和消化道（肝、胆、胰腺、胃、肠等）常见疾病的外科手术治疗，尤其甲状腺、乳腺癌的标准性、功能性根治手术及综合治疗、腔镜微创诊疗手术、保乳手术、乳癌术后一期重建等。 哈尔滨医科大学附属第四医院普外科在哈医大系统较早开展甲状腺良性结节的微创射频消融术，甲状腺微小癌的微创射频消融术，甲状腺癌根治性手术，甲状腺癌联合侧颈部淋巴结多功能保留颈淋巴结清扫术、术中神经监测技术（喉返神经、面神经等）、术中纳米碳示踪技术及负显影技术。头颈部良恶性肿瘤（腮腺、颌下腺肿瘤、甲状舌管囊肿等）的手术治疗。