曲靖有近十所三甲医院，相对较好的医院是曲靖市第一人民医院、曲靖市中医医院、曲靖市第二人民医院等。 曲靖市第一人民医院是滇东地区首家西医医疗机构，已发展成为一所集医疗、教学、科研、康复、预防为一体的三级甲等综合医院。曲靖市紧急医疗救援中心、曲靖市传染病医院、曲靖市肿瘤医院挂靠在该医院。 曲靖市中医医院是集一体的一所中西医融合发展、中医特色优势突出的三级甲等中医（综合）医院。是曲靖地区目前成员最多，涉及面最广的医联体。也是曲靖市中医药学会会长单位，还是云南省曲靖区域医疗卫生中心建设—曲靖市肛肠专科医院主体建设单位、云南省肛肠盆底疾病专科联盟牵头单位。 曲靖市第二人民医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健于一体的三级甲等综合医院，系上海消化内镜诊疗工程技术研究中心曲靖基地、暨南大学微创外科研究所基地、广州国际减重与糖尿病外科治疗中心曲靖基地。