南京新生儿科好的医院有南京市儿童医院、南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院等。 南京市儿童医院新生儿医疗中心是江苏省最早成立的临床重点专科，形成了具有明显优势的技术特色，新生儿专业的发展达到国内先进水平，在江苏省乃至全国享有很高声誉。 南京医科大学第一附属医院儿科为省级临床重点专科，省级新生儿危急重症救治指导中心，南京医科大学博士、硕士学位授予点，博士后流动站点。拥有江苏省“135”重点人才、江苏省“兴卫工程重点人才”、江苏省“重点医学人才（联合共建）”、六大高峰人才、江苏省“妇幼健康重点人才”、 江苏省科教强卫工程医学创新团队等。 南京鼓楼医院新生儿科是由一批临床经验丰富的主治医师以上职称的医务人员组成。熟悉新生儿科常见病、多发病、疑难病的诊治，尤其在治疗先天发育异常、窒息，以及出生的过程中出现羊水吸入，导致出现缺氧、缺血、肺炎等，以及生理性体重下降、黄疸、新生儿肺炎等方面具有显著优势。