南京市结核病医院比较好的有南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院、东南大学附属中大医院，结核病需就诊感染病科。 南京医科大学第一附属医院感染病科于1997年被批准为江苏省临床重点专科，2001年被评为江苏省临床医学重点学科，2007年被评为江苏省“兴卫工程”的感染病学重点学科，2011年被评为江苏省卫生厅创新团队。 南京大学医学院附属鼓楼医院感染性疾病科成立于1978年，是江苏地区综合性医院最早成立感染性疾病科的医院之一，对于病毒性肝炎、脂肪性肝病、不明原因肝损、不明原因发热、疑难细菌及真菌感染、新发传染病的诊治具有丰富的临床经验。 东南大学附属中大医院感染性疾病科成立于2005年，是集临床、教学和科研于一体的感染病专科，在肝脏疾病特别是慢乙肝干扰素的个体化治疗及多药耐药处置上积累了丰富的临床经验，在周边省市地区有较大的影响力。