南京牙科比较好的医院为江苏省口腔医院、南京市口腔医院、南京医科大学第一附属医院等，前两家医院的口腔科分别位列复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》第8名、第10名。 江苏省口腔医院综合诊疗科由医院从各科抽调口腔修复、牙体牙髓、口腔种植、口腔外科等专家作为主体组成精干团队。配备国际先进仪器设备，擅长龋病、牙髓病、牙列缺损、牙列缺失等口腔常见病、多发病的诊断与治疗。 南京市口腔医院口腔内科是江苏省医学重点专科，是华东地区最有影响的专科之一。设有牙体牙髓病科、口腔粘膜病科、牙周病科、儿童牙病科等特色门诊二级科室。擅长龋病、牙髓病、尖周病、牙周病、口腔粘膜病等的诊疗，尤其是各种疑难杂症的诊疗。在省内率先使用显微根管治疗术、机用镍钛合金技术行根管治疗、机三氧化物聚合体修复陈旧性髓室穿孔等先进技术。 南京医科大学第一附属医院口腔科是江苏省综合性医院中规模大、设施先进的口腔专业科室，专注于口腔医疗、教学和科研，科室规模、开展的医疗项目和科室效率指标位居江苏省综合医院口腔科前列。口腔种植科、口腔颌面外科、口腔正畸科、口腔修复科为特色品牌专科。