南京脑外科比较好的医院有南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院、东南大学附属中大医院等。 南京医科大学第一附属医院的神经外科是国内最早的神经外科专科之一，也是江苏省内首个神经外科。经多年发展已成为江苏省内综合实力最强的神经外科临床诊疗、教学和科研中心之一，为江苏省临床医学重点专科、省强卫工程医学重点学科、南京医科大学神经外科学科联盟主任委员单位（联盟现已发展包括省内外56家成员单位）。 南京鼓楼医院神经外科开展血管内介入治疗、锁孔开颅手术、介入与开颅联合的复合手术、颅内外血管搭桥、颈动脉内膜剥脱、颅内血管重建等，涵盖各种脑、脊髓血管病的外科处理，包括脑动脉瘤、脑动静脉畸形、海绵状血管瘤、烟雾病、硬脑膜动静脉瘘、脊髓血管畸形、颈动脉与椎动脉狭窄或闭塞性疾病等。 东南大学附属中大医院神经外科全方位地开展了微创神经外科、脑肿瘤、脊髓肿瘤、脑血管性疾病、颅脑创伤、功能神经外科、神经功能康复和细胞分子神经外科等的临床诊疗和研究，并实现了手术、放疗、化疗和功能康复的综合式服务。