菏泽医院有菏泽市立医院、菏泽市中医医院、菏泽市第三人民医院等。 菏泽市立医院是集医疗、教学、科研、急救、预防、保健和技术指导于一体的综合性三级甲等医院，风湿免疫科和血液内科为山东省临床重点专科，神经外科和消化内科为省级医药卫生重点学科。 菏泽市中医医院是山东中医药大学非直属附属医院、省级“爱婴医院”，为山东中医药大学、山东中医药高等专科学校、菏泽医专等多家医学高等院校的教学医院，是集医疗、教学、科研、预防、康复、急救于一体的全民所有制三级甲等综合性中医医院。 菏泽市第三人民医院是以治疗脑科、骨科疾病和医学康复为特色的三级甲等医院，医院设有内科、外科、精神科及康复医学科四大系统18个病区和医学检验、影像、心理治疗、功能检测等辅检科室，其中，精神科、神经内科、康复医学科是市级重点学科，神经外科、骨外科是市级重点学科创建科室。