通州区比较好的医院排名有首都医科大学附属北京胸科医院、北京中医药大学东直门医院东区、北京市通州区妇幼保健院等。首都医科大学附属北京胸科医院设有肿瘤科、结核科、胸外科、放疗科、心脏中心、医学影像中心、病理科等临床、医技科室26个，基础研究室8个，其中耐药结核病研究室为北京市重点实验室，国家结核病临床实验室及胸外二科获批市级职工创新工作室。 北京中医药大学东直门医院东区拥有教育部重点学科1个，国家中医药管理局重点学科9个，北京市重点学科2个，国家临床重点专科6个，区域中医(专科)诊疗中心5个，国家中医药管理局重点专科16个，北京市重点专科13个。 北京市通州区妇幼保健院承担着辖区妇女儿童基本医疗和公共卫生职能任务，年接诊百万人次以上，年出院2万余人次，年分娩近1.2万人次，其中产科分娩量、儿科门急诊量在全市名列前茅。