心内膜炎临床主要可见三大类症状，即全身感染症状、心脏症状、栓塞及血管症状，部分患者可出现咳嗽、呼吸困难、咯血或胸痛、脾大、贫血的症状。此病可并发有心力衰竭、心肌脓肿、心肌梗死、细菌性动脉瘤、迁移性脓肿。
发热
发热是感染性心内膜炎最常见的症状，除有些老年或心、肾衰竭重症病人外，几乎均有发热。亚急性者起病隐匿，可有全身不适、乏力、食欲缺乏和体重减轻等非特异性症状。可有弛张热，一般小于39℃，午后和晚上高，部分病人热型不典型，常见头痛、背痛和肌肉关节痛。急性者呈暴发性败血症过程，有高热、寒战，突发心力衰竭者较为常见。
心脏杂音
高达85%的病人可闻及心脏杂音，可由基础心脏病和(或)心内膜炎导致瓣膜损害所致。急性者要比亚急性者更易出现杂音强度和性质的变化，或出现新的杂音。瓣膜损害所致的新的或增强的杂音主要为关闭不全的杂音，尤以主动脉瓣关闭不全多见。
周围体征
多为非特异性，近年已不多见。
瘀点
可出现于任何部位，以锁骨以上皮肤、口腔黏膜和睑结膜常见，病程长者较多见，指和趾甲下线状出血。
Roth斑
Roth斑为视网膜的卵圆形出血斑，其中心呈白色，多见于亚急性感染。
Osler结节
Osler结节为指和趾垫出现的豌豆大的红或紫色痛性结节，较常见于亚急性者。
Janeway损害
Janeway损害为手掌和足底处直径1~4mm的无痛性出血红斑，主要见于急性病人，引起这些周围体征的原因可能是微血管炎或微栓塞。
动脉栓塞
赘生物引起动脉栓塞占20%~40%，尸检检出的亚临床型栓塞更多。栓塞可发生在机体的任何部位，脑、心脏、脾、肾、肠系膜和四肢为临床所见的体循环动脉栓塞部位。
部分患者有动脉栓塞的症状如肺栓塞，可突然出现咳嗽、呼吸困难、咯血或胸痛，以及感染的非特异性症状如脾大、贫血等。
严重者可出现心力衰竭、心肌脓肿、心肌梗死、细菌性动脉瘤、迁移性脓肿等并发症。
心力衰竭是最常见的并发症，主要由瓣膜关闭不全所致，主动脉瓣受损者最常发生(75%)，其次为二尖瓣(50%)和三尖瓣 (19%)，瓣膜穿孔或腱索断裂导致急性瓣膜关闭不全时可诱发急性左心衰竭。
心肌脓肿常见于急性病人，可发生于心脏任何部位，以瓣周组织特别是在主动脉瓣环多见，可致房室和室内传导阻滞，心肌脓肿偶可穿破导致化脓性心包炎。
急性心肌梗死大多由冠状动脉细菌栓塞引起，以主动脉瓣感染时多见，少见原因为冠状动脉细菌性动脉瘤。有时细菌栓塞造成的心肌梗死植入冠状动脉支架也可导致支架术后的感染。
细菌性动脉瘤占3%~5%，多见于亚急性者。受累动脉依次为近端主动脉(包括主动脉窦)、脑、内脏和四肢动脉，一般见于病程晚期，多无症状。发生于周围血管时易诊断，可扪及搏动性肿块，如发生在脑、肠系膜动脉或其他深部组织的动脉时，往往直至动脉瘤破裂出血时方可确诊。
迁移性浮肿多见于急性病人，亚急性者少见，多发生于肝、脾、骨髓和神经系统。
无症状的神经系统事件更常见，15%~30%病人有神经系统受累的表现：脑栓塞占其中的1/2，大脑中动脉及其分支最常受累；脑细菌性动脉瘤，除非破裂出血，多无症状；脑出血，由脑栓塞或细菌性动脉瘤破裂所致；中毒性脑病，可有脑膜剌激征；脑脓肿；化服性脑膜炎不常见，后三种情况主要见于急性病人，尤其是金黄色葡萄球菌性心内膜炎。
大多数病人有肾损害，包括肾动脉栓塞和肾梗死，多见于急性病人；免疫复合物所致局灶性和弥漫性肾小球肾炎(后者可致肾衰竭)，常见于亚急性病人；肾脓肿不多见。
