当小儿出现发热、精神不佳、乏力等疑似小儿疱疹性咽峡炎的症状时，且在流行季节有可能接触史时应引起患儿家长注意，立即到医院就诊。行血常规、病原学等检查可以确诊。
血常规以及C反应蛋白
病毒感染外周血白细胞计数正常或者偏低，中性粒细胞减少，淋巴细胞计数相对增高。若出现外周血白细胞增高，中性粒细胞增高，C反应蛋白明显增高者，考虑细菌感染的可能性大。
病原学以及血清学检查
临床样本肠道病毒特异性核酸检测阳性或分离到肠道病毒，或者急性期血清肠道病毒IgM抗体阳性，或者恢复期血清相关肠道病毒的中和抗体比急性期有4倍及以上升高，有上述一种情况即可以确诊。
体格检查
患儿发病初起时咽部充血，并有散在灰白色疱疹，周围有红晕，直径2~4mm，数目多少不等，1~2天后破溃形成小溃疡。此种黏膜疹多见于咽腭弓、软腭、悬雍垂及扁桃体上，也可见于口腔的其他部位。
血气分析
呼吸系统受累时或重症病例可有动脉血氧分压降低、血氧饱和度下降、二氧化碳分压升高、酸中毒等。
脑脊液检查
患儿出现精神差、嗜睡、吸吮无力等神经系统症状时，脑脊液符合病毒性脑膜炎和/或脑炎改变。表现为外观清亮，压力增高，白细胞计数增多，以单核细胞为主，蛋白正常或轻度增多，糖和氯化物正常。
胸片
轻症患儿肺部无明显异常，重症及危重症患儿并发肺水肿时。两肺野透亮度减低，磨玻璃样改变，局限或广泛分布的斑片状、大片状阴影，进展迅速。
颅脑CT和/或MRI
颅脑CT检查可用于鉴别颅内出血、脑疝、颅内占位等病变。神经系统受累者MRI检查可出现异常改变，合并脑干脑炎者可表现为脑桥、延髓及中脑的斑点状或斑片状长T1长T2信号。并发急性弛缓性麻痹者可显示受累节段脊髓前角区的斑点状对称或不对称的长T1长T2信号。
脑电图
神经系统受累者可表现为弥漫性慢波，少数可出现棘(尖)慢波。
超声心动图
重症患儿可出现心肌收缩和/或舒张功能减低，节段性室壁运动异常，射血分数降低等。
临床诊断病例
患儿表现为急性起病，突发咽痛和发热，体格检查典型体征为咽腭弓、软腭、悬雍垂及扁桃体上灰白色疱疹或溃疡，可考虑为疱疹性咽峡炎。
病原学确诊病例
在临床诊断病例基础上，采集患儿临床标本(咽拭子、粪便、血液等)，具有下列之一者即可做出病原学确诊：
疱疹性口炎
该病是由单纯疱疹病毒I型感染引起的急性口腔黏膜感染，传染性强，通过飞沫传播。终年可见，无季节性，以散发病例为主。有发热和局部淋巴结肿大，疱疹可发生于口腔黏膜任何部位，但常见于齿龈和颊黏膜。亦可同时累及唇及口周皮肤，与本病主要通过体格检查可鉴别。
溃疡性口腔炎
溃疡性口腔炎以婴幼儿发病较常见，多由革兰染色阳性球菌引起，常见于营养不良、免疫力低下患儿，病初口腔黏膜广泛充血、水肿，黏液增多。继之表现为大小不等、界限清楚的糜烂。全身症状轻重不一，多有发热、烦躁、食欲减退或因局部疼痛而不能进食。周围血白细胞明显增高，中性粒细胞增多，C反应蛋白增高。与本病主要通过血常规检查进行鉴别。
麻疹
麻疹是由麻疹病毒引起的传染性很强的急性呼吸道传染病，病程早期出疹前24~48小时可见口腔黏膜斑。常见于颊黏膜近臼齿处，直径0.5~1.0毫米，也可见于下唇内侧面与牙龈之间，软腭及咽弓等处黏膜。外有红色晕圈，开始仅见于对着下臼齿的颊黏膜上，但在1天内很快增多，可累及整个颊黏膜并蔓延至唇部黏膜，黏膜斑在皮疹出现后即逐渐消失，应注意鉴别。
