患者出现发热、寒战、严重肌痛、嗜睡、出血等症状时应到感染科就诊，并进行血常规、生化、脑脊液检查、血清学检查及病毒核酸检测等来诊断科罗拉多蜱热，注意与钩端螺旋体病、蜱传回归热等疾病相鉴别。
血常规
所有的血液成分均可能减少，外周血白细胞计数可降到(1～4)×10^9/L，呈现严重的白细胞减少是该病的特点。在第二次发热起始时白细胞减至最低水平，并可见中性粒细胞内中毒颗粒及异型淋巴细胞，分类计数通常显示相对的淋巴细胞增多，尚可出现未成熟的中性粒细胞。白细胞计数低下可持续至临床症状恢复后7天。可有血小板减少。
生化检查
如果合并肝炎，可见肝生化异常。
脑脊液检查
科罗拉多蜱热合并脑膜脑炎患者会出现轻度到中度的脑脊液细胞增多，蛋白质轻度增高。
骨髓检查
骨髓检查为有创性检查，通过局部麻醉下骨髓穿刺获得骨髓液进行检查，可见中性粒细胞系统成熟障碍。
电镜观察
经负染电镜观察，毒粒形态为圆形，直径约为(87.00±0.05)nm，病毒颗粒的外层可见表面突起。
血清学检查
用于科罗拉多病毒诊断的血清学试验，包括血凝抑制试验、酶联免疫吸附测定、补体结合试验、间接免疫荧光试验和中和抗体法等，对急性期和恢复期双份血清进行测定，对科罗拉多病毒的诊断和流行病学调查均有价值。直接免疫荧光染色试验可在红细胞内检出病毒抗原，有助于早期诊断。用酶联免疫吸附测定在感染急性期患者血清中检测针对合成病毒肽的特异性IgM抗体有助于早期诊断。
病毒分离及病毒抗原检査
急性期血液或脑脊液或洗涤红细胞接种小鼠或地鼠肾C6/36细胞可分离出病毒，取病人红细胞作免疫荧光染色可检测到病毒抗原。
病毒核酸的检测
可检测出患者是否存在病毒，从而确诊本病。
结合以上病史、临床表现以及检查有助于确诊科罗拉多蜱热。
钩端螺旋体病
是由各种不同型别的钩端螺旋体所引起的一种急性全身性感染性疾病，属自然疫源性疾病。临床特点为起病急骤，早期有高热，全身酸痛、软弱无力、结膜充血、表浅淋巴结肿大等钩体毒血症状，但腓肠肌疼痛及压痛突出、没有双波热。少数病例可出现后发热、眼葡萄膜炎，以及脑动脉闭塞性炎症等多种与感染后的变态反应有关的后发症。白细胞及血小板一般不减低，通过血清学试验可进行鉴别。
蜱传回归热
由回归热螺旋体引起的急性虫媒传染病，临床表现与本病类似，均可出现发热、肌肉疼痛、皮疹、出血，结膜充血，病程均有发热期和间歇期。但回归热头痛非常显著、全身肌肉、骨骼疼痛、以腓肠肌为著，肝脾多出现肿大，发热期与间歇期交替反复出现可达5~8次，与科罗拉多蜱热病的双波热有区别。蜱回归热血白细胞不低，血清学及病原核酸检测可帮助鉴别。
兔热病
又称为土拉菌病，是由土拉弗朗西斯菌引起的，主要感染啮齿动物并可传染给其他动物和人类的一种自然疫源性疾病。感染者会出现高热、浑身疼痛和咽食困难等症状，淋巴结肿大、肝脾可以出现脓肿。血常规白细胞不低，多升高，抗生素治疗有效，通过细菌培养可进行鉴别。
登革热
是登革病毒经蚊媒传播引起的急性虫媒传染病。登革病毒感染后可导致隐性感染、登革热、登革出血热。登革出血热我国少见。典型的登革热临床表现为起病急骤，高热、头痛、肌肉、骨关节剧烈酸痛、部分患者出现皮疹、出血倾向、淋巴结肿大、白细胞计数减少、血小板减少及双峰热等与科罗拉多蜱热非常类似，但登革热出血倾向更明显，皮疹更常见，主要鉴别需结合流行病学史及血清学试验、病毒核酸检测来鉴别。
